Dès le début des années 1990, Stéphane Maugendre assigne, avec plusieurs de ses confrères, le Ministre de l’intérieur en référé voie de fait dans l’intérêt d’étrangers bloqués par la Police de l’air et des frontières dans la zone dite « internationale » de l’aéroport de Roissy. Ces actions aboutissent, le 25 mars 1992, à la condamnation de l’état français et obligeront le ministère de l’intérieur à déposer un projet de loi afin que le droit de ces étrangers soit règlementé (L' » amendement Marchand  » à nouveau devant les parlementaires. Des demandeurs d’asile contestent la  » zone internationale  » prévue par le ministère de l’intérieur, Le Monde, Philippe Bernard, 21/01/1992 ; Des Avocats….., L’Humanité, 23/01/1992 ; Les zones de transit en procès, Libération, Marie-Laure Colson, 27/02/1992; Zones de transit: l’État condamné à payer des dommages et intérêts, Libération, Marie-Laure Colson, 26/03/1992; La  » zone de transit  » devant le tribunal de grande instance de Paris L’Etat est condamné pour voie de fait sur des étrangers, Le Monde, Philippe Bernard, 27/03/1992 ; Zone d’attente « Frontières du droit, Frontières des Droits, L’introuvable statut de la « zone internationale, Préface de François Julien-Laferrière L’Harmattan 1993).

En juillet 1994, Stéphane Maugendre assigne, avec son confrère Simon Foreman, avocat au barreau de Paris, le Ministre de l’intérieur en référé voie de fait pour faire libérer un orphelin mozambicain de 14 ans consigné à bord d’un paquebot amarré dans le port de Brest. (« Faute de droit » contre un jeune réfugié mozambicain, Le Monde, Nathaniel Herzberg, 05/02/1995; Le tribunal administratif de Paris contredit le ministère de l’intérieur à propos du droit d’asile, Le Monde, Nathaniel Herzberg, 05/03/1995; Le Conseil d’Etat interdit la consignation à bord des passagers clandestins, Le Monde, Nathaniel Herzberg, 31/07/1998).

Au mois de février 1995, Stéphane Maugendre assigne, toujours avec son confrère Simon Foreman, le Ministre de l’intérieur en référé voie de fait pour faire libérer deux nigériens consignés à bord d’un paquebot amarré dans le port de Saint-Nazaire (Le tribunal de Paris «libère» deux passagers nigériens clandestins, Le Monde, 17/02/1995)

Un an plus tard, au mois de juillet 1995, Stéphane Maugendre assigne, toujours avec son confrère Simon Foreman, le Ministre de l’intérieur en référé voie de fait pour faire libérer un Tanzanien consigné à bord d’un paquebot amarré dans le port de Brest. (Le second clandestin du Mimoza a pu débarquer pour demander asile, Le Télegramme, 12/07/1995; Un Tanzanien refoulé contre l’avis de la justice. Un demandeur d’asile a été consigné de force à bord d’un bateau en rade de Brest, Libération, Dominique Simonnot, 13/07/1995).

Suite à l’affaire des 123 kurdes débarqués sur une plage corse en janvier 2010, le gouvernement français annonce une nouvelle réforme du CESEDA (Code de l’entrée et du séjour des étrangers et du droit d’asile) contre lequel il est, au nom du Gisti, fermement opposé (« C’est d’une inhumanité totale », France Soir, 25/01/2010; Le gouvernement en difficulté après la libération de réfugiés, Reuters, 25/01/2010; les projets de Besson inquiètent les associations, Afp, 28/01/2010; Besson veut restreindre les droits des sans-papiers, Le Nouvel Obs, 12/02/2010;  El Gobierno de Sarkozy detendrá en « zonas de espera » a los extranjeros indocumentados, El Pais, Antonio Jiménez Barca, 12/02/2010; Migrants: Besson veut durcir la loi, Le Jdd, 12/02/2010; Eric Besson veut durcir la législation contre les sans-papiers, Capital, 11/02/2010, Eric Besson veut durcir la législation contre les sans-papiers, Le Point et Reuters, 12/02/2010, Besson veut faciliter les expulsions de sans-papiers , Le Figaro, Cécilia Gabizon, 13/02/2010; Francia détendra en « zonas de espera » a indocumentados,  lanacion.com, 14/02/2010; Loi Besson : le texte de trop, La Vie, Corine Chabaud 16/02/2010; Giro di vite délia Francia sugli irregolari, 16/02/2010; Éric Besson veut durcir la législation contre les sans-papiers, France 24, 17/02/2010; « Le piquet de grève de la rue du Regard est sous notre protection », L’Humanité, 18/02/2010; L’éloignement des sans-papiers va être facilité, Capital, 30/03/2010;Eric Besson veut faciliter l’éloignement des étrangers en situation irrégulière, Le Monde, Laetitia Van Eeckhout,  31/03/10; Francia, al vaglio governo nuove procedure rimpatrio clandestini, Il Velino.it, 31/03/2010; Le projet de loi Besson va créer un «régime d’exception» pour les étrangers, Médiapart, Carine Fouteau, 01/04/2010; Immigration: La loi sera durcie ; Le Jdd, 01/04/2010, Le nouveau tour de vis d’Eric Besson , La Vie, Philippe Merlant, 22/05/2010; Éric Besson : encore une « ignominie », L’Humanité, Marie Barbier, 19/06/2010; Le discours de fermeté fait recette, Metro News, 12/09/2010; Immigration: Ce qui va changer, Le Jdd, 27/09/2010; Immigration: «Depuis les années 70, toutes les lois ont été un échec», Libération, Tchat, 28/09/2010).

Au mois de février 2011, il s’insurge contre la non-admission d’un guinéenne en France (Interdite de voir sa sœur en France malgré son visa ,Ouest-France, Claire Thévenoux, 15/02/2011)

En avril 2011, après les révolutions dites « du monde arabe » il prend position contre les dispositions de la France (Immigration : en Europe, « c’est vraiment chacun pour soi », Le Nouvel Obs, 17/04/2011;  L’arrivée de migrants tunisiens secoue l’Europe. , La Croix, Elsa Bastien, 26/04/11 )

En 2013, Stéphane Maugendre représente le Gisti dans la campagne menée par le monde associatif et syndical contre l’ouverture des annexes des tribunaux de Meaux et de Bobigny aux abords des pistes d’atterrissages de l’aéroport de Roissy pour juger les étrangers en passe d’être reconduit à la frontière ou ceux auxquels la Police de l’Air et des Frontières (P.A.F) a refusé l’accès au territoire français. (Défendre et juger sur le tarmac, Libération, 05/06/2013; Des salles d’audience à Roissy suscitent l’indignation, 20 Minutes, 13/09/2013 ; vive opposition aux audiences délocalisées à Roissy, Nice Matin, 13/09/2013 ; vive opposition aux audiences délocalisées à Roissy, Le Point et AFP, 13/09/2013 ; Les associations dénoncent une justice « low cost » à Roissy, La Croix, Jean-Baptiste François, 17/09/13 ; Bras de fer avant l’ouverture des audiences pour étrangers, Le Parisien, 18/09/2013 ; Roissy : justice express sur le tarmac ?, France Info, Laurent Doulsan, 19/09/2013; Et les droits de la défense  ?, Politis, Ingrid Merckx – 26/09/2013 ; L’ ouverture de l’annexe du tribunal reportée , Le Parisien, 01/10/2013; les étrangers sans-papiers jugés dans une annexe prés de roissy, Afp, 14/10/2013; Ouverture du «tribunal d’exception» pour sans-papiers, Libération, Sylvain Mouillard, 14/10/2013 ; Premières audiences de sans-papiers à Roissy, Libération, 14/10/2013 ; Sans-papiers: premières comparution dans une annexe près de Roissy, Le point et AFP, 14/10/2013 ; Des sans-papiers jugés à deux pas des pistes, Le Monde.fr avec AFP, 14/10/2013 ;  Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, Le Point et AFP, 14/10/2013 ; Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, Le Courrier Picard, 14/10/2013 ; A Roissy, les sans-papiers jugés au pied des pistes, Le Nouvel Obs, 14/10/2013 ; Sans-papiers jugés près de Roissy : « Qui ira jusque-là ? », Le Nouvel Obs, Céline Rastello, 14/10/2013 ; Sans-papiers: premières comparution dans une annexe près de Roissy, Direct Matin, 14/10/2013 ; Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, Nice Matin, 14/10/2013 ; Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, La Voix du Nord, 14/10/2013 ; Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, Le Progrès, 14/10/2013 ; Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, L’Union, 14/10/2013 ;Les étrangers sans papiers jugés dans une annexe près de Roissy, La Dépêche, 14/10/2013 ; Première audience du tribunal pour les étrangers à Roissy, Le Monde, Franck Johannès, 15/10/2013 ; Le tribunal et le centre de rétention du Mesnil-Amelot, Blog de Franck Johannès, 15/10/2013; Première audience du tribunal pour les étrangers à Roissy, Le Monde, Franck Johannès 16/10/2013 ; Christiane Taubira gèle l’ouverture du tribunal des étrangers à Roissy, Le Monde, Franck Johannès, 18/12/2013 ; La salle d’audience n’ouvrira pas en janvier, Le Parisien, Carole Sterlé, 18/12/2013).

Le 15 juin 2015, il dénonce la retenue de deux fillettes de 3 et 6 ans par la police de l’air et des frontières en zone d’attente à Roissy (Deux fillettes de 3 et 6 ans retenues par erreur plusieurs jours en zone d’attente à Roissy, LCI, Y.T. avec AFP, le 12/06/2015).

Au mois de juillet 2015, il dénonce la volonté d’un élu de droite de systématiser les tests osseux à la frontière franco-italienne (Migrants : ces très contestés « tests osseux » qu’Eric Ciotti veut systématiser, Métronews, Gilles Daniel, 07/07/2015).

En avril et mai 2017, il s’oppose à l’ouverture de la salle d’audience dans l’aéroport de Roissy ( Un tribunal pour clandestins bientôt délocalisé à Roissy, France Inter, Noé Hochet-Bodin, 05/04/2017; Polémique sur la justice en bout de piste pour les étrangers, Le Monde, Maryline Baumard, 29/05/2017).